Дамблдор верил в души, он явно не рассматривал материальную гипотезу "сознание транслируется из крестража".
Знал ли Дамблдор в HPMOR, что крестраж работает как слепок сознания - не известно. Скорее нет, чем да - верил в сказку про якорь для души.
1) "С-смотритель ш-школы с-считает, что они отрывают кус-сочек души,"
2) Считал призраков и Воскрешающий Камень свидетельствами существования душ
3) Про гипотезу,"призраки - "штуки вроде портретов" сказал "Это одна из глупейших мыслей, которые я слышал за сто десять лет!"
Поэтому считаю допустимым, что Дамблдор мог посчитать, что Зеркало успешно запечатает душу Волдеморта и никакой крестраж больше не поможет ему воскреснуть.