Да, меня тоже это смутило: получается, он написал себе записку в настоящем, после того, как получил ее из прошлого. Вот я бы тоже "логичнее" сначала отправилась в прошлое, а потом нашла пергамент и написала записку. Дамблдор, получается, сначала скопировал записку, потом отправился вместе с ней на час назад и положил ее на место.
Я потом подумала, что Гарри тоже сначала переписал содержимое записки "Не шути со временем", а потом отправился в прошлое и оставил ее для себя. Возможно, они так делают, чтобы в точности скопировать содержимое и не создать парадокса.
Возможно, такой порядок действий описан в брошюре, посвященной маховикам времени.