Давайте только обозначим не X, Y - это общепринятые обозначения половых хромосом. Пусть у этих людей будет всего 4 гена (А, В, С, Х). Тогда у матери будет набор генов:
А1 А2
В1 В2
С1 С2
Х1 Х2
, где цифрами обозначены различные аллели одного гена.
Соответственно, у отца:
А3 А4
В3 В4
С3 С4
Х3 Y.
При этом аллели могут и совпадать, например, А1=А2 или С2=С3, только Y не совпадает ни с Х1, ни с Х2, ни с Х3.
В результате мейоза
в половой клетке остается один из аллелей каждого гена (случайным, но не всегда независимым образом). Например, от матери ребенку может достаться набор (А1, В1, С2, Х1) или любой другой из оставшихся 15.
Можем считать, что от матери достался набор (А1, В1, С1, Х1).
От отца (А4, В4, С4, Y). Y - поскольку известно, что у нас мальчик.
Итак, ребенок:
А1 А4
В1 В4
С1 С4
Х1 Y
Поскольку этот ребенок и есть отец (по условию), получаем, что А3=А1, В3=В1, С3=С1, Х3=Х1.
Отец:
А1 А4
В1 В4
С1 С4
Х1 Y
Передает ребенку второй столбик генов (как и раньше):
А4, В4, С4, Y.
Мать передает первый столбик.
П.С.: Ваше утверждение о "половина Х, половина Y" верно в статистическом смысле: у людей ровно половина генов от отца и ровно половина от матери, но примерно четверть от бабушек и дедушек и примерно 1/8 от прабабушек и прадедушек. На самом деле можно получить от отца все дедовы гены и совсем не получить бабкиных, но это, понятно, редкая ситуация, ну примерно как если все молекулы улетят в один угол комнаты (пожалуй, все же намного менее редкая). Однако чтобы получить ровно 1/4 генов деда - тоже редкое везение требуется.
П.П.С.: Если бы мы делили наборы аллелей так, как вы предлагаете: бабушкин набор пополам и дедушкин набор пополам, - мы бы могли получить на выходе комплекты (А1, В1) как половину от (А1, В1, С1, Х1) и, например, (А4, Y) как половину от (А4, В4, С4, Y), итого передать ребенку от отца набор (А1, В1, А4, Y). Ген А дублировали, ген С потеряли. В общем, так не делается, и генетический материал делится поаллельно, чтобы передать от каждого родителя ровно одну копию каждого гена, а не несколько копий одного и ноль копий другого.