Мне не очевиден тезис, что в каждый (вообще каждый) истребитель был встроен анзибль.
Брут-форс ограничен ресурсами. Вы не забывайте, что речь идёт о войне на чужой территории, где возможности пополнить ресурсы нет. Лично я запросто готов допустить, что количество кораблей с анзиблем, которые способна построить Земля - ограничено. И в этой связи вполне возможно, что гораздо надёжнее посадить живого человека как дополнительную универсальную дублирующую систему. В бою всегда может выйти из строя что угодно.
Тем более, что управляющие беспилотниками точно также бы подчинялись приказам "одного стратега и десятка тактиков".
На самом деле, тут к автору скорее можно придраться в том плане, что непонятно где вообще происходили сражения до финального. Космос - огромен. Если блуждать по нему вслепую, можно никогда и не встретиться. Защищать имеет смысл только планеты (спутники крупных планет, крупные астероиды), поэтому все сражения, теоретически, должны происходить недалеко от планет. (Кстати, ещё интересный вопрос: какие у землян были основания считать, что они действительно узнали про все колонии?)
Но с этой поправкой, я вполне готов допустить, что по прибытию в систему Эндер со товарищи командуют флотом, который выигрывает генеральное сражение, а окончательную "зачистку" производят уже без них. Потому что, с учётом движения на досветовых скоростях, получается, что в каждую из систем жукеров был направлен отдельный флот, и в другую систему он уже никак не успевал. Где в этих условиях можно брутфорсить и партизанить, не очень понятно.