Он ни разу (в тех главах, которые я успел прочитать) не задает себе вопрос "ПОЧЕМУ я думаю, что именно разум, в той форме, какую я наблюдаю, может быть единственным критерием ценности". Что любопытно, он сталкивается с иной системой координат, например, у Драко в начале их знакомства. При этом не может понять, что Драко в рамках своей системы мыслит столь же логично, как и он сам в рамках своей.
Давайте мы оставим логичность Драко в покое. В тексте показано неоднократно, как Драко ошибается. Можно, наверное, говорить что эти его ошибки не являются прямым следствием иной морали, но это совершенно оффтопичный разговор, причём не ведущий никуда.
Насчёт ценностей Поттера, то я бы предположил, что основополагающей ценностью для него является истина. Разум, хоть и прошит в его мозгах как имеющий самоценность, но на самом деле имеет ценность вторичную, как инструмент для достижения истины, которая и является самоценной для Поттера. Тут я, для ясности более многословно повторю/перефразирую. С одной стороны, мозги Поттера воспринимают ценность разума как самоценность, они не обсчитывают каждый раз ценность разума и не сводят её каждый раз к ценности истины. Поттер имеет этические установки, которые говорят ему о том, что жизнь человека бесценна, он же, начитавшись фантастики, расширяет это до "жизнь разума бесценна". Не думая при этом о том, как данный конкретный разум может помочь достичь истины.
Но с другой стороны, если бы вы докопались к нему с подобными вопросами, то он бы вам рассказал о том, что разум ценен потому, что он позволяет идти к истине, и чем больше разума, тем лучше.
Ну а насчёт того, почему он не считает единорогов разумными -- это действительно довольно условное решение с его стороны. Конвенциональное. Примерно того уровня: считать ли Плутон планетой или не считать. Можно договориться и так, и эдак. Было бы лучше обойтись без такого решения, не проводя этой условной границы, но проблема в том, что не проводя этой границы невозможно осмысленно подойти к вопросу принятия решений. Это было показано в ситуации, когда Поттер вдруг заподозрил, что трава разумна. Поэтому можно оспорить некие детали, принятого Поттером решения, но в целом он поступил верно.