Где-то в глубине его сознания возникло едва заметное ощущение, будто в этой истории что-то было не так
Я думаю, это его и смутило - рассказана история, у которой не осталось очевидцев.
Волдеморт исчез, пожиратели разбежались. Известно, где он последний раз был (благодаря пророчеству).
Зашли туда, увидели мертвых супругов. Увидели живого ребенка, шрам на нем (которого раньше не было). Увидели кучку пепла (возможно, органического происхождения) рядом с ним.
Какой напрашивается вывод?
Думаю, его смутила сама развязка истории - больше похожа на сказку, чем на реальную ситуацию.
При этом Гарри еще совсем недавно узнал, что магия существует - тоже похожая на сказку ситуация. Его рациональность в тот момент ослабла, поэтому он не придал значения своему ощущению неправильности истории.